退職金共済の方で、退職所得の受給に関する申告書が提出されるはずですが、割り増し分を支給する会社でも、退職所得の受給に関する申告書を本人から提出してもらう必要があります。

その際は、本年中に他にも退職手当等の支払いを受けた事がある場合に該当しますので、A欄のみでなく、B欄、E欄にも記載し、退職所得控除額についても、まず共済等から控除して、残りについて控除して、源泉徴収税額が発生する場合は、計算して徴収すべき事となります。
http://www.nta.go.jp/category/yousiki/gensen/pdf/1648_37.pdf