PCのソフトでも月末一括税抜を自動で出来るのがありますが
弥生会計は出来なかった気がします。

課税/免税 本則/簡易 税込/税抜(内税入力・外税入力)
くらいしか選択出来なかったような。。。
現在の弥生会計のバージョンは06ですので最新版も
体験版等で確認なさってはいかがでしょうか?

会計事務所さんがよく使ってるのでICSという会社のソフトが
あるけどそこのは一括税抜で処理するケースが多いみたいです。
会計事務所さんの伝票とか帳票にICSとか書いてありませんか??