少し横から失礼します。

確かに同等程度の借入金があるのであれば、代表者の車を会社が買い取る事で、実質借入金との相殺が出来ると思います。

ですが、相殺しようとしている車両が代表者が借入している金額と同等であると言う証明がありませんよね？？
これだと10年前の車を持ってきても、極端な話相殺が成立してしまうことになってしまいます。

そこで、代表者の方が持って見える車を買取査定してもらい、それを元に相殺を考えてはどうでしょう？？
大体こんな金額と言うのは後々問題が出る可能性もあると思いますので、第三者からの数字を出してもらった方が良いと思いますよ。