>必ずしも「売上＝課税取引＋不課税取引」とはならないと思うのですが・・・。　つまり、赤字ということです。

さすがは長老、鋭いツッコミですね（笑）

確かに、掲げられているサイトは、売上分だけ、仕入・経費がかかる前提で書き込まれていますよね。

要するに、問題となるのは、仕入項目の中での不課税項目の比率ではなく、課税売上に対して、課税仕入となるものが何割あるか、という事です。
ですから、赤字であれば、課税売上の６割が不課税項目であったとしても、課税仕入が課税売上の６割相当（要するに売上の１２０％仕入・経費がかかっているケース）あるならば、みなし仕入率５割の会社であれば、本則課税の方が有利、という事になります。
逆に利益が出ている会社では、課税売上に対する不課税項目の割合が４割しかなくても、課税仕入も課税売上の４割相当しかなければ、逆に簡易課税の方が有利、という事になります。