僭越ながら・・・
準備する書類は大丈夫な様なので経験上の流れです。
設立以来初めてだと、まず、会社の概要、社員組織、売上及び仕入の流れ、起票のタイミングといった事を聞いてくるはずです。中小企業であれば、役員との関わりを聞いてくるでしょう。車輌使用状況や金銭の借貸ですね。書類のチェックとしては、出納帳です。複式簿記できっちり管理していればOK。何に使ったかわからない出金があると役員賞与になりかねません。
定期的な調査であれば、申告までの流れを確認する程度だとおもいます。
最後に、ここ近年会社の内情をよく知っている方の退職はありましたか?地方の会社だとして、県庁所在地にある税務署からではありませんか?こういった場合、何かしら「ねた」をつかんでいる場合がありますので、ご注意を・・・。