こんにちは。
給与所得か事業所得かは、雇用関係の有無で決まると思います。
ちょっと内容が把握できないのですが、
Ｂ社からは役務の対価として金銭をもらっているのですか？

実態にそり、Ａ社、Ｂ社とも給与所得でも構いませんし
個人事業者で給与所得があっても何ら問題はないですよ。