税務署に確認してみます。TELで教えていただけることを願って・・・。 ;-)

＞資本金１千万円以上の新設法人であれば、本来は「消費税の新設法人に該当する旨の届出書」を提出すべきですので、普通に考えれば、それを提出されていたのでは、と思います。
http://www.nta.go.jp/category/yousiki/syouhi/annai/1461_09.htm

出していたのかなぁ？でも、「お気に入り」に保存してあるんです。ということは、出したのかなぁ・・・？

もし仮にこちらの書類を提出していたならば、基準期間の課税売上高が1,000万円以下になり免税事業者になったとしても、書類提出なく適用されますよね？