いずれにしても、実際の事業上の資産・負債を記載すべきです、その結果として、差は元入金とはなります。
（元入金がマイナスになっている貸借対照表も見た事がありますし、それは致し方ないです。）

別のご質問でも書きましたが、今回の青色申告特別控除の６５万円の控除は貸借対照表の添付のみが要件ではなく、正規の簿記の原則によるべきものですので、年初に資産・負債を受け入れた上で、年末時の帳簿上の残が貸借対照表に記載されるべきものと思います。