株式会社ですか？当然ですが取締役会は存在しますか？
まあ、ワンマン社長の中小企業では、珍しくない光景でしょう。
それで、その怪しい出金はどのように処理されているのでしょうか？貸付金ですか？何の証拠書類も無く出金したとすれば経理担当者の責任も免れませんね。
もちろん、経営者が会社に損害を与えるつもりで勝手に財産を処分したら背任罪に問われますが、会社のためを思ってやったと言い逃れするでしょう。ただ、それは貸付金ではなく、自分で使っているならば横領ですし、返済の約束も無く事実上贈与しているのであれば交際費的に考えるべきではないかと思います。
まあ、一般株主がいなく、社長一族が全株を持っているのであれば、会社に損失を与えて割を食うのは従業員ですね。
重要な融資などは取締役会決議事項でしょうし、社内に決裁権限規定があれば、規定違反です。しかし、ワンマン社長の前では意味は無いでしょう。非公開の会社では、会計処理に少しくらいおかしなことがあっても、税金さえ納めていれば問題になりにくいですね。
正義感を奮い立たせるのもよし、黙って処理するのもよし・・・ではないかと。御社の社長の性格や他の取締役との関係などよく考えて、自分を守ることを優先されたらどうでしょうか。