本人や医者の意見を聞かず、人事担当者が判断するべきではないと思います。御社に休職に関する規定があればそれに従って粛々と手続きをされたらよいだけでしょう。個人的には、退職させることが出来る状態であれば、辞めてもらいますが。その人が特別な人で、病気が治るまで会社が面倒見る理由があるのでしょうか。