消費税法上、課税仕入れの計上時期は、物財や権利を取得し、又は借り受け、あるいはサービスの提供を受けた時です。

つまり、商標権を取得した時点で課税仕入れとなるのであり、その代金をいつ支払うかは関係ありません。

したがって、税抜経理方式を採用しているのであれば、

1.特許事務所等へ仮払い時（課税仕入れは生じない、と便宜上考える。）
　　仮払金1,050　/　現金預金1,050

2.商標権の取得時（課税仕入れが発生。）
　　商標権1,000　/　仮払金1,050
　　仮払消費税50

とするのがわかりやすくてよいでしょう。

厳密に言うと、特許事務所などで法手続きをしてもらうというサービスの提供を受けているのですから、特許事務所に支払いをする時点で課税仕入れとすることもできます。
（本当はこちらが正しい。）

しかし、会計上それを仮払経理している場合は、仮払いをした時点でいちいち課税仕入れとしてしまうのは、かなりわかりにくいので、ここはやはり最終的に商標権へ振替えた時点で一発まとめて課税仕入れとするほうがよいと思います。
（課税仕入れにする時期が特許事務所に支払いをする時よりも遅くなるわけですから、税務署から文句言われることはまずありません。）

蛇足ですが、商標権を取得する際に支払った諸税金（登録免許税など）は課税仕入れにはなりませんので、ご注意ください。