当方は、人数の少ない会社のせいか、書類提出先ごとにファイルしています。
社会保険ファイル、雇用保険ファイル、国税・・などです。
個人の書類がばらばらに保存されるデメリットはありますが、
年代ごとにさかのぼり、同系列の書類を一括で確認できるのが良いところです。
過去のファイル整理は大変ですが、がんばってください。