>確認なのですが、先述したディーラー等に支払う「登録手数料」とは自動車取得税などの租税公課ではなく、ディーラーの純粋な手数料収入となる「登録代行手数料」を意図して書き込みをしたのですが、この費用に関して第三者対抗要件を具備するための費用と考えてよろしいのでしょうか?

もちろん、そのつもりでお答えしましたが、同通達(1)のニの最後の部分「登録のために要する費用」に含まれるべきものでは、と思います。
百歩譲って、これに含まれないとしても、それに付随する費用であり、この通達のタイトルからわかるように、あくまでもこれは例示であって限定列挙されているものではありませんので、同じ趣旨の支出であれば、同じ取り扱いによるべきものでは、と思います。

>この場合の登録代行手数料と納車費用はディーラー側としてはどちらも同じ手数料収入になると考えられ、そうであるならば、買い手が固定資産の取得価額に含めたくないという理由で本来の納車費用を登録代行手数料として請求してもらうことにより、同じ金額の車両を購入した場合の取得価額に含めるべき金額が恣意的に決められることとなるように思われるのですが、どうなのでしょうか?(書きながら思ったのですが、本体価格を削って登録代行手数料に付け替えることも可能になってしまいますね。)

確かに、おっしゃる通りとは思いますが、ただこれらの手数料の額で言えば、車両本体の価格からすれば微々たるもので、重要性に鑑みれば、そこまで神経質にならなくても良さそうな気はします。
(現実には、納車費用自体、登録代行手数料と共に経費として処理されているケースも少なくないとは思いますが。)