ここで聞けば殆どの事は答えてもらえますが…。

税理士さんには、帳簿類は自分で作成して確定申告書のみ作成を依頼したり、領収書や通帳のコピーを渡して帳簿から確定申告書まで全てを依頼する事も出来ます。
依頼する度合いによって金額もかなり違ってきます。社内でどこまで出来るかで依頼する度合いが決まると思われます。

青色申告が初めてで何をやっていいのかさっぱり分からないけれど自分でやりたい方には、地元の青色申告会や商工会議所などで勉強したり教えてもらう事もできます。

節税などに関しては、書籍が沢山出ていますので、一読されるとよろしいかと思います。書店に行って自分でも分かると思った本をお買いになると良いでしょう。

参考：
日本商工会議所
http://www.jcci.or.jp/

全国商工会議所名簿
http://www.cin.or.jp/cin-cgi/me_list99open.asp