carrefourさん、回答ありがとうございました。

請求書を発行しても問題ないとのことなのでそのようにしたいと思います。
当社は特殊な建築工事で、通常はは1〜3日位の工事がほとんどなので、工事が終わったら請求書を出すという形で処理している為、「請求していないのに入ってくるお金」の処理に悩んでしまったのですが仕訳も教えていただき参考になりました。
連休明けで忙しく、返信が遅くなってしまいまして失礼致しました。
ありがとうございました。