皆様いろいろなご意見ありがとうございます。

パート先には税理士さんが入っていますので（どこまで頼んでいるか詳しくは知りませんが）店長は私が専従者になったと知ってもそれが乙欄になって・・・とは考えなかったのかもしれません。来年からは扶養控除等申告書は提出できないので乙欄で・・と話します。多分税理士さんに話がいくことでしょう。前にも書きましたがパート先には迷惑をかけたくないと思っています。

kontaさんのおっしゃる通り私もこれから給与計算等をすることになりますので、皆様のアドバイスはとてもためになりました。と同時に知らないまま行っている事がもっとあるのではないかと怖くもなりました。
勉強します。
これからもよろしくお願いします。