分かりやすいのはこれでしょうか。

対話式法人税申告書作成ゼミナール
http://www.skattsei.co.jp/contents/category/explain/21534.html

具体例つきで、初心者君との対話形式なので、読みやすいです。
多くの会社が税理士に高い報酬払っているくらいなので、
実際は本読めばできるというとそうでもなく、税法は
かなり複雑で難解です。
ですので、基本的な本では別表４と５の関係をメインに
したものになってしまうと思いますが、まずそれが基本ですね。
あとは申告書作成ソフトを使うことでしょう。
ソフトを使うとなかなか理論を覚えない欠点はありますが、
数字が連動していくので仕組みが見えると思います。