こんばんは。今回の例からいくと、税務署へ納付した金額が、1000円過剰になっていると考えられます。

 正しい金額  5000円 - 納付額 6000円 =過剰納付▲1000円

 正しい処理としては・・・・

 この場合は、その誤納分を還付する書類があります。
 その書類に、納付書のコピーを添付して、理由等を記載すると
 還付が受けられます。