こんにちは!横からすいませんが・・・少し違うと思うので意見を書かせて下さい。

来年4月からは会社法も変るのでまったく違う結論になりますが、とりあえず現行法では、有限会社から株式会社への組織変更の場合は、純資産価額が1000万円以上あれば、事前に増資手続を踏むことなく300万円の有限会社を1000万円の株式会社にすることができますよ・・

これは「組織変更」とはいっても登記上は「有限会社の解散」と「株式会社の設立」の2種を同時にやっているだけだからです。
つまり「税務上」は「組織変更」は「改装工事=リニュアル」なのに対し、登記上は「解体」と「新築工事」を行なっているからです。だから一旦解体した「有限会社」の換価が1000万円以上あればそれでもって「株式会社」を新築するからOKってことなんです。(もちろん解体しませんが)
逆にいくら有限会社の資本金が1000万円以上あっても債務超過で純資産額(資本の部)が1000万円未満の場合は「解散」→「換価」→「資本充当」→「株式会社新設」できませんので、基本的には登記上株式会社にはできません。
したがってこの組織変更は株主や債権者になんら負担を強いるわけでもないのに(強いるケースもありますが)総会の「特別決議」のはずです(「解散」を伴うから)また登記の「登録免許税」の課税標準も増資ではないのですから、700万円ではなく基本的には設立と同じ1000万円です(但し書きで、そこから既存の有限会社の資本相当額を減額して税率をかける措置が設けられている)

ですからお尋ねの件の司法書士さんは、会社の決算をみて純資産価額=資本の部が1000万円超あったので、「増資手続不要」と言ったんだと思います。

じゃ税務上は?って言うと、この組織変更の際、資産、負債の簿価を変更しなかったとすれば、「利益積立金」→「資本金」になったのですから、仕訳では
(利益積立金)/(資本金)700万円ってことになります。でもってこの種の「資本金」は平成15年以降は例の税務上は「資本金でない資本金?」ですから別表5の1の兇濃駛楡冦金のマイナスの表示で減算します。
従って例えば「寄付金の損金算入限度額」等の判断の「資本金」+「資本積立金」の額は相変わらず300万円ってことになります。

因みにこの組織変更では「資産の評価益」を計上する事があります。それは現状のB/Sの資本の部が1000万円に足りなくても、たとえば「含み益」などがあってそれを具現化すれば1000万円超となるような場合にまず「評価益」を計上して「組織変更」するやりかたです。
この「評価益」は税務上は「益金算入」ですから注意が必要です。

なお来年4月より会社法が変ると、上記の答えは一変します。
有限会社からの組織変更は登記上は「組織変更」ではなく「名称変更」と同じ扱いになりますから、勝手に「資本金」増額はできないはずです。
また税務上認められていた「評価益」の計上も出来なくなります。