yoshieさん　こんにちは。
利息を先払いしているので、利息がマイナス表示されることはあります。特に3ヶ月や6ヶ月返済であれば、金額も大きくなります。
借入金（元金）/　預金
預金　/　支払利息
の仕訳の預金を借方、貸方を相殺した結果、支払利息がマイナスで元金からその金額が引かれていたのだと、推測しております。
私が思っている事が原因であれば、元金はそのまま処理して、支払利息をマイナスする仕訳になると思います。
計上する仕訳は、
借入金（元金）/　預金
借入金（元金）/　支払利息
で良いと思われます。
参考まで。