文章から察するに、親はそこに住んではいない（同居
していない）のですよね？
次に、例の数字を使うと、親が20万の家賃を支払い、
そのうち5万円だけを自己負担しているのですよね？
ayuさんが独占的に居住する家ならばその家賃は本来ayuさんが
全額負担すべきで、その家賃を親が肩代わりしているのなら、
別生計とは言えないと思います。
生計を一にするとは同居を意味するものではなく、経済的に
見て同一家計かどうかです。
たとえば親元を離れて大学に通う子供に対して仕送り等で
生活費の面倒を見ている場合は、同居じゃなくても生計を
一にしていることになります。
したがって、ayuさんの5万円は「同一生計親族に払った
もの」にあたると思います。

もし、全額親に支払い経済的に完全に独立していている
のであれば生計を一にするとは言えないと思うので、
その場合は「全額負担した家賃のうち事業共用割合に
応じた部分を事業経費にする」ことは可能と思います。
ただし、親のほうは不動産所得を認識することになります。

http://www.taxanser.nta.go.jp/2210.htm