art-sさんがお書きになられている通りと思いますが、少しだけ書き込んでみます。

消費税の経理方法については、特に規則というか、そういったものはなく、それぞれの会社が選択した方法により処理する事が認められています。
但し、免税事業者の場合は、税込経理方式しか認められていませんので、税抜経理方式は採用できません。
詳しくは下記サイトをご参考にされて下さい。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/6905.htm

一般的には、大きな会社では税抜経理方式を採用している会社がほとんどだと思いますが、小さな会社では、税抜経理方式の方が処理が煩雑な部分もあるせいか、税込経理方式を採用している会社も結構多いと思います。
ただ、処理が煩雑な部分を除けば、税抜経理方式の方がいろいろメリットは多いとは思いますが。
（処理が煩雑とは言っても、会計ソフトを使えば、そんな事もないのですが）