出来る事なら請求書をちゃんと発行してもらいましょう。
そこに徴収するべき源泉税も載せてもらうのが一番安心が出来るやり方だと思います。

また、そのペースで払い続けるとなると、年始に支払調書の作成が必要になってくると思われますので、支払手数料ではなく顧問料という科目の方が、後々の処理が楽だと思いますよ。