こんばんはtomoyaさん。

早速ですが、消費税には非課税と不課税があります。
私も完全には解りませんが、免税取引と言う書き方がされているのであれば、それは本来課税対象であったものでも、例外的に課税しないとされたものに当たると思います。
ですので、仕入税額控除に組み入れても良いと言うのは、簡易課税制度を適用できる、若しくは簡易課税制度を選択した事業者の話だと思いますよ。

不課税取引と言うのは、日本国外で行われた取引が殆どです。
消費税は日本国(地方税も含む)が課税しているものなので、国外で行われた行為に関しては、消費税は関係ないと言う取引です。

EMS以外での免税取引でいま思い浮かぶのは、医療機器や福祉などでしょうか、、、
補聴器や車椅子等の医療や福祉用具は消費税が掛からないです。
健康保険の適用を受ける医療行為も実は免税取引です。
最近流行りの視力を回復するレーザー治療は結構保険がきかないので、消費税を取られるです。
人間ドックも課税ですね。

参考になったら幸いです。