過大に納付してしまったけどその間違いを説明できる資料が用意できれば、還付請求できます。

用紙はHPから↓
http://www.nta.go.jp/category/yousiki/gensen/annai/1648_22.htm

納付書で調整することはないです。きちんと説明できれば還付されます。
資料は、間違った計算をしたときの資料と正しい計算の資料、その比較一覧表があれば大丈夫。
記入方法は税務署に問い合わせれば教えてもらえますよ。