やはり実態によるべきとは思います。
その方に部屋を貸していないという事ですが、残された家財等は１５年中に撤去されたのでしょうか？
その上で入居者募集をかけたという状況であれば、確かに平成１６年分については、その方に貸したとは言えないと思いますので、入金額の差額は一種の損害賠償金的性格のものとして、入金時の収益とする事も可能とは思います。
しかし、そうでなく、家財等もそのままで、入居者募集もせず、という状況であれば、実際に住んでいなくても、その人に貸しているようなものではありますので、やはり正しくは修正申告すべき事になるとは思います。