横からすみません。
基本的には、kochiさんが書かれている通りと思います。

ただ、名義自体は社長個人名義であっても、実際に会社の事業の用に供していて、会社で支払っているのであれば、会社の車両運搬具として計上して、それに関する経費を計上する事自体は、そこまでは問題ないものと思います。

実態が会社としてのものであれば、名義は個人であったとしても認められるべきものですし、小さな会社では諸事情でそのように処理している所も少なくないとは思います。
（もちろん好ましい事ではありませんが）

ただ、今回のケースは「自宅の使用」と書かれていますので、逆に実態が個人用であれば、会社で計上していたとしても、それに関する経費はkochiさんが書かれているように役員賞与とされますし、点検費用も当然、役員賞与となり、法人税法上の損金とならないだけでなく、社長本人の所得税も課される事となります。