やはり車両運搬具・・・つまり会社の資産となっているのですよね。
税務調査で指摘を受ける(可能性)のを覚悟されているのであれば、修繕費・車両費・維持費などで経費処理することになるのではないでしょうか。

ただ、税務調査での指摘されるのは車両の代金やその車両の維持・管理費が「役員給与」とされる可能性が高いこと。
法人は経費(減価償却費や修繕費など)を否認され、社長個人は所得税の追徴課税を受けることになるかも。
とりあえず「自宅と会社の往復に使っています」と口裏を合わせておけば、回避できるかな? 「なぜ法人名義ではないのか」ってツッコミが入らないことを祈りつつ・・・