ご返答ありがとうございました。

恐らく、税理士の方は社員の利益ということで
指摘しているのだと思います。

おっしゃる通り、このような場合は、ほとんど少額な為、
税理士さんに少額の旨、伝えればいいと思いますが、
経理のトップが税理士さんの言うことは絶対と
言う人なので頑なに、認めないのだと思います。
また、社内管理の問題ということも、含んでいると思います。
o_kさんのご返答で全て、辻褄があいます。

直接、聞けばいいことなのですが、色々とあるもので。

ありがとうございます。