税法上の問題点は、小さいかと思われます。


まず、費用計上の時期については、
お書きの事例で記せば、
ガソリンを購入したときに費用計上すべきものです。

だから、
カード使用直後に現金決済をして費用計上しても何ら問題はなく、
それどころか、正しい費用計上をおこなっていることになります。


他方、問題があるとすれば、クレジットカード使用による、
社員の利益です。

例えば、カード利用によるポイント加算があります。

こういった社員の個人的利益は、
本来は会社がもらうべきものになります。

そこで、税務上は、こういった社員の利益につき、
社員への給与として扱うことになります。

しかしながら、これも金額にすれば寡少なものですから、
「チリも積もれば」にならない限り、
問題になる恐れは低いかと思います。


問題点は、税務面よりも社内管理にあるでしょう。

つまり、
ａ．事務手続きが増加する（事務負担、事務コスト）
ｂ．ポイント加算のためにカードを利用しようとする（モラル低下）
が挙げられます。


ただ、税理士さんが指摘をする理由は、ご本人にしか分かりません。

ご本人へ、伺われてはいかがでしょうか。