交通費はyui2さんの所が立替払いしているので、

交通費を支払った時
仮払金（又は立替金）　／　現金

交通費を現金で受け取った時
現金　／　仮払金（又は立替金）

と、処理すればよろしいのではないでしょうか。
ドンブリ勘定で「大体この位の交通費」という計算の仕方なら、売上に算入するしかないと思いますが。
もし前例があるのでしたら、前例と同じ様に処理すればよろしいかと思います。

また、ご質問には関係の無い事ですが支払調書も源泉徴収票も受け取らないとの事ですが、客先から「給与」として支払を受けている以上源泉徴収がされていると思うのですが、その処理はどうなさっているのでしょうか？
自分も個人事業ですが、自営収入以外にアルバイトで給与収入があった時はアルバイト分は給与所得として申告し、源泉所得税は所得税総額から差し引く処理をする事になっています。
ふと気になりましたので…。関係ない事で失礼いたしました。