＞こういうときはどうすればよいのでしょうか？
仕訳をしていれば必ず貸借は一致します。
従って、仕訳日記帳等の帳票でズレの発生した日を特定してください。
60万と大きな金額なのですぐわかるとおもうのですが。。。

＞そのまま提出すれば、調べられるのでしょうか？
損益に関わる可能性があるのでお尋ねはあるでしょう。