こんばんわ。
平成１６年の途中で会社を退職したのですね。まず、源泉徴収票に税額が書かれていないとの事ですが、給料から所得税は引かれていたのですか？
やり方としては給与所得と事業所得それぞれの所得が発生します。事業所得の出し方は売上（収入）げから仕入や色々な経費（支出）を引いてだします。給与所得は収入（手取りではなくて総支給額）から給与所得を出す表があるんでそれで所得を出します。税務署のＨＰとかで給与所得の出し方があると思うので見てみてください。
そして事業所得＋給与所得を出してそこからいろいろな控除（社会保険料控除は源泉徴収表の社会保険料の金額と事業をしてから払った年金や健康保険の金額）をして税額を出します。最初に書きましたお勤めしていた時税金を引かれていたなら事業所得が少ない（もしくは赤字）であれば戻ってくる可能性もありますよ。