>この契約書には消費税額は記載されていなくて、
>単に税込みと記載されているだけです。

印紙税額を判断する時は、具体的な金額が明確に記載されている事が条件ですので、
今回のケースですと税込み金額に対しての印紙代がかかってしまいます。

もし、〜うち消費税及び地方消費税○○万円〜と記載されていれば印紙代は税抜き金額に対してとなっていました。