>例えば、固定資産税の年税額が10,000円で、前納金が1,000円の場合は必要経費に計上すべき金額は10,000円で、雑収入に100円計上するという形になるのでしょうか？それとも実際に支払った金額9,900円を必要経費に計上するのでしょうか？
>結果は同じことなので細かいことなのですが・・・

そうですね、通達からいけば、収入に計上すべきものですので、雑収入で計上すべきものとは思いますが、租税公課のマイナスで処理していたとしても、さほど問題はないとは思います。