源泉徴収簿は、本人から提出された扶養控除等（異動）申告書に基づき、
実際の行われた源泉徴収の実績を示すものです。

扶養控除等（異動）申告書の提出により特定扶養親族に該当しないことが
判明したのは年末調整事務を行っている時期でしょうから、
それまでは当初提出されたマルフによって税額計算をしなくてはなりません。
なので、過去に遡って訂正したらおかしいことになります。

年末著製で還付金が生ずるのはざまざまな理由があります。
１１月までに本来の税額より少なく徴収しても、結果的に還付になることがあります。
生命保険料控除等、小規模企業共済等掛金控除や住宅ローン控除、
賞与の支給実績や中途入社など年末調整の中身によります。