請求書のみをインボイスにするのか、
請求書と納品書の両方をインボイスにするかがよくわかりません。
インボイスには端数処理のルールがあり、税率毎に1回のみというしばりがあるため、
記載の仕方によっては誤解を招く恐れがあります。
請求書のみをインボイスとする場合、納品書に記載される消費税額の合計が請求書の消費税額と
基本的には一致しないので、その辺を検討する必要があります。
請求書と納品書の両方をインボイスとする場合、記載の仕方によっては
納品書毎に端数処理が認められる例外があります（請求書の一回のみでも可）。
なので、どのような様式・どのような計算方法にするのかによるでしょう。