適正に算出して給料から控除されてた場合とそうではない場合の源泉所得税及び住民税の差額は是正されないとおかしいはずなんです。

まあ、通常は2年前からの年末調整のやり直しをするはずなんですが…。

会社の方針でそれをやらない（本来はやらないとダメ）となるとどこで追加で徴収された分の社会保険料の帳尻を合わせるのかということになります。

�＿饉劼�２年前からの年末調整をやり直す→差額分の源泉所得税を会社からもらう＋差額分の住民税が市町村から還付される又は特別徴収されている住民税から差額分が差し引かれる

��会社はそこらへん何もしない→過去分の払いすぎた源泉所得税と住民税が戻ってこないので今年度で調整を取るしかない

になってくるはずです。

これは会社が立て替えている個人負担分とはまた別の問題なので気になるのであれば税務署等に確認をしたほうが良いかと思います。