御社は委託販売の受託者ですよね。

前者の方の記載の通り、前期決算の申告が終わったのであれば、決算書自体訂正が出来ず、
せめて修正申告での対応になるでしょう。

ただ、売却損の金額がどこにいくのかにもよりますが、
手形売却損を差し引いて支払うのであれば、マージンの外に収入として計上し、
手形売却損は費用として計上するのが筋かと思います。