税務署に提出された申告書の中身を見ないと
正確な回答は出来かねますが、
＞＞確定申告の時は生命保険控除の計算はしなくて(年末調整でしてるので)提出
ということは、確定申告書の中で生命保険料控除が抜け落ちてしまったと予測されます。
つまり、訂正前の申告書では過剰の税金が計算されていたのでしょう。
改めて源泉徴収票にもとづいて生命保険控除欄へ記入することにより、
確定申告書の上でも生命保険料控除を受けたことになります。
決して二重控除ではありません。確かに、職員さんは間違えていないですね。