自分は気にしません。

１００００（税込）とした場合

割り返し計算をした時に本体価格の端数を切り上げるか切り捨てるか四捨五入するかはその会社の経理方法によって決めるからです。

但し、相手先の請求書内に本体価格〇〇円、消費税××円と記載があるならば記載されている本体価格に合わせます。向こうが本体価格〇〇円と指定してきている以上こちらでズラす必要性を感じないので。