証憑番号の使い方は下記サイトを参考にしてみてください。
 https://www.narashino-cci.or.jp/sodan02/p05/keiri13.html

証憑番号は、主にTKCシステムで採用されているものであって、
外の会計ソフトで伝票番号とは別に採用されることは聞いたことがないですね。