クレジットカードによる納付の手数料は、
クレジットカード会社に対して支払う手数料ですので、
通常経費（支払手数料）として処理して問題ありません。
下記ご参照下さい。

国税庁：クレジットカード納付のQ&A
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/nofu-shomei/nofu/credit_nofu/credit_qa.htm

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