クレジットカードによる納税の手数料は、
通常経費(支払手数料)として処理して問題ありません。
下記ご参照下さい。

国税庁:クレジットカード納付のQ&A
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/nofu-shomei/nofu/credit_nofu/credit_qa.htm

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