あなたの対応で特段の問題はありませんね。
残高証明が欲しいのは「送ってきた側＝相手先」ですから、
A社は「a部署の残高」ということを明記する必要がありますね。
それがなければ「会社 対 会社」の取引ですから、会社の合計額を記載するのが普通ですから。
私もあなたと同様の処理をしていたでしょう。

大きな企業によっては今回のようなケースもあり得ますが、
A社の説明不足・管理体制が宜しくありませんね。

ご苦労様でした。。