まず、修正申告書の提出時期が2022年3月期であることが前提です。
会計上未払法人税で処理した以上は、
別表5の△1,000は2022年3月期にそのまま残ってしまうのは、
正しいと思います。認容するのは納付時期になります。

2023年３月期に会計上は、未払法人税1,000をひっくり返して納付する形になるので、
同別表では、納税充当金から支出した事業税等の金額で一旦は減算するとともに、
2021年3月期に既に減算留保された別表5の△1,000を加算で消却することになるでしょう。