基本的には、有利な方を選択できますが、
手続き上父さんの年末調整の情報が市町村に流れ、
子さんの確定申告の情報が同じ市町村に流れ、
この時点で違法が発覚し、税務署にフィードバックされます。
会社で年末調整のやり直しになるか、子さんの修正申告になるかは、
税務署又は市町村の対応の仕方次第になるかと思います。