前段ですが、
給与や賞与でない立替金を「給与・賞与振込」することは、
銀行との振込に関する契約に抵触するか思います。

後段ですが、
立替金の支払を「給与・賞与」で振り込んでも、
きちんと帳簿書類上明確に区分しておけば、
通常は問題が起きないと思います。