まず理由がわからないと、
何とも言えませんね。
請求書より多く支払うことが、
御社の（担当者の）都合によるものなのか、
取引先の都合によるかによって大きく異なるでしょう。
また、請求書より多く支払うこととなる場合、
会計責任者である直属上司の承諾を得ることはいうまでもありません。