鋭い質問です。
自分もこの件は疑問に思っているところですが、
経験上期首で除却したとして減価償却費を計上しています。
後段の仕訳が該当します。

税法上期末に存在する固定資産のみ減価償却を認めているのですが、
除却する以上は価値の減少は発生しているので、
税法上の減価償却資産の規定を待たずに費用化できるもの考えられます。
しかし、損益計算書の減価償却費は別表上の償却費が一致するのが前提なので、
便宜的に期中除却資産の減価償却費を除却損に含めて処理するのが
妥当ではないでしょうか？