前段は、30万円以上なので機械装置で計上、
増加資産に入れる必要があるかと思います。

後段は、難しいですね。
理論的には有効活用する部品はそのままで、
有効活用できないものは除却でもいいような気がしますが、
実務的には両者を区分するのは困難でしょうから、
経費にしない方が安全かと思います。